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医院临床科室齐全，其中血液内科、内分泌内科、普通外科、胸心外科4个学科居全省首批10个重点学科之列，烧伤外科、心血管内科冠心病专业、小儿内科医学心理学专业跻身省内10个领先医疗特色专业。血液病学专业也是我省“211”工程唯一的西医临床重点学科。福建省超声医学、院内感染专业质控中心也挂靠在我院。
2005年经考评列为协和医院首批重点学科有：血液内科、心外科、心内科、普外科（含肝胆外科）、神经内科、消化内科、超声科。

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